No afectará a tu procedimiento siempre que en el momento de la presentación cumplas el requisito de continuidad e inmediatez anterior a presentar el expediente. En todo caso, deberás regularizar tu situación cuanto antes a fin de no causarte perjuicios personales y porque, en caso de concesión, deberás realizar la jura y el trámite de obtención del DNI, para lo que es necesario que cuentes con un permiso de residencia vigente.