Isso não afetará o seu processo, desde que, no momento da apresentação, você cumpra o requisito de continuidade e imediatidade antes de apresentar o expediente. Em todo caso, você deverá regularizar sua situação o quanto antes, a fim de não causar prejuízos pessoais e porque, em caso de concessão, será necessário realizar a juramento e o procedimento de obtenção do DNI, para o qual é necessário ter um permissão de residência vigente.